Не существует внутренней разницы в безопасности, независимо от того, есть ли у вас процесс начальной загрузки в файле индекса или в отдельном файле.
Наличие отдельного файла обычно связано с проблемами организации (например, наличие файла, который можно включить из других источников для импорта функций вашего приложения, или для помещения всех задач в файлы с правильными именами, или для того, чтобы его было особенно легко добавить пользовательские расширения процесса загрузки).
Тем не менее, файлы конфигурации , содержащие конфиденциальную информацию - иногда, реже, даже все файлы PHP, за исключением файла индекса, - будут по возможности размещаться за пределами корневого веб-каталога. Это будет иметь значение для безопасности в том, что PHP-файлы не могут быть доступны извне в случае случайной неправильной конфигурации сервера.