Старая нить старая ...
Наткнулся на это, имея схожую проблему, пароль защищает поддомен при сохранении основного сайта без.
Решение оказалось проще, чем я предполагал.
В document_root / .htaccess, domain.com/wiki перенаправлял на domain.com/w (потому что это чище?
RewriteEngine On
RewriteRule ^/?w(/.*)?$ /wiki/index.php [PT,L,QSA]
RewriteRule ^/*$ /wiki/index.php [L,QSA]
В document_root / wiki / .htaccess каталог вики защищен паролем:
AuthType Basic
AuthName "Restricted"
AuthUserFile "/home/user/.htpasswds/public_html/wiki/passwd"
require valid-user
Я просто добавил эту строку в начало документа_root / .htaccess, чтобы она гласила:
AuthType None
RewriteEngine On
RewriteRule ^/?w(/.*)?$ /wiki/index.php [PT,L,QSA]
RewriteRule ^/*$ /wiki/index.php [L,QSA]
domain.com больше не защищен паролем, а domain.com/wiki перенаправляет по назначению и с защитой паролем.
Надеюсь, это поможет кому-то еще.