Я написал по электронной почте Майку Барнетту, автору ILMerge, и он объяснил, что он вообще не предназначен для работы с приложениями WPF, к сожалению, и был удивлен, когда сказал ему, что он работает с моим приложением WPF 3.5. Поскольку это не поддерживается, я просто покажу это и подожду, пока не появится другая альтернатива.
В качестве примечания я попробовал .NET Reactor из Eziriz , и он на самом деле работал отлично, но стоит 180 долларов, что на хобби-проект я пока не собираюсь тратить. Но это намного дешевле, чем другая коммерческая альтернатива от Red Gate, и я подумал, что упомяну это.
Обновление: Майк Барнетт теперь считает принятый ответ на этот вопрос лучшим решением. По его словам, если бы он знал, что это возможно, он никогда бы не написал ILMerge.