да, вам придется добавить дополнительный оверлей с набором точек от вашей последней точки до вашей следующей точки. Как только вы создадите MKPolyline с вашими точками, вы не сможете изменить его, когда он рисует MKPolylineView, не удаляя старый и добавляя вновь созданный.
Вы можете создать новый вид полилинии со всеми точками (включая новую) и добавить его на карту, но не удаляйте старую. затем, как только новый будет добавлен, вы можете удалить более старый более короткий. Это может быть не очень красиво для реализации, но это должно избавить от перепрошивки на обновлениях. Вы можете различить старое и новое с помощью тега. может быть, количество очков, как тег будет работать.