Было бы полезно, если бы вы могли опубликовать свой файл app.config. Сколько строк подключения он содержит на входе? Этот код меняет или устанавливает второй в списке.
Попробуйте посмотреть, что получится - очистите список и просто установите новый с одной записью:
config.ConnectionStrings.ConnectionStrings.Clear();
config.ConnectionStrings.ConnectionStrings[0].ConnectionString = "metadata=res://*/TCSModel.csdl|res://*/TCSModel.ssdl|res://*/TCSModel.msl;provider=System.Data.SqlClient;provider connection string='Data Source=" + cmbServerName.Text + ";Initial Catalog=" + cmbDatabase.Text + ";User ID=" + txtUserName.Text.Trim() + ";Password=" + txtPassword.Password + ";Persist Security Info=True;MultipleActiveResultSets=True'";
config.ConnectionStrings.ConnectionStrings[0].Name = "TCSEntities";
config.ConnectionStrings.ConnectionStrings[0].ProviderName = "System.Data.EntityClient";
Вы также можете попробовать использовать SaveAs
, чтобы убедиться, что вы знаете, откуда будет получена исправленная версия.