R: RGraphviz установка

Question

Я пытался установить библиотеку, используя грубую силу - пробуя разные комбинации вещей, которые люди публиковали в списках рассылки (мне лень перечислять их один за другим, но я думаю, что попробовал большую частья могу перечислить это тоже, если это кому-нибудь поможет.)Результаты варьировались от безобидного сообщения об отсутствующей DLL до невозможности запуска RGui до того, как я удалил библиотеку вручную.Тем не менее, мне не удалось ...

Вы знаете, как правильно установить его, чтобы он работал?У меня 64-битная Windows 7, и я не заинтересован в компиляции пакетов из исходного кода.Спасибо!

Answer 1

Установить Rgraphviz 2.2.1 из Биокондуктора

Согласно последним README :

Rgraphviz теперь поставляется в комплекте с Graphviz. Это должно значительно упростить установка на всех платформах по сравнению с более ранними версиями.

Bioconductor 2.11 содержит множество библиотек, которые вам не нужны или не нужны, но, похоже, это самый простой путь для достижения того, чего вы хотите. Это инструкции на домашней странице Rgraphviz :

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Rgraphviz")

Эти инструкции работают для R x64 2.15.2 в Windows 7

library("Rgraphviz")

Загрузка необходимого пакета: график
Загрузка необходимого пакета: сетка

set.seed(123)
V <- letters[1:10]
M <- 1:4
g1 <- randomGraph(V, M, 0.2)
plot(g1)

Answer 2

README в пакете с исходным кодом для RGraphviz содержит очень некоторые довольно четкие инструкции.

Я думаю, что это немного неудобно для пользователей тем, кто хочет только установить бинарный пакет, намекнуть, что они могут также захотеть скачать и распаковать файл tar.gz, содержащий полный исходный код, чтобы найти некоторую техническую информацию .... что оказывается абсолютно решающим.

Answer 3

Одно слово предупреждения. Если вы будете точно следовать инструкциям по установке Rgrahpviz, ничего не получится. При установке пакета graphviz редактирует среду PATH, но неверно. Я не заметил, и я держал пари, что многие другие тоже пропустили это.

Rgraphviz хочет найти двоичный файл в ...;C:\Graphviz2.20\bin\; НО установка graphviz добавляет путь только до ;C:\Graphviz2.20\;.

Вам придется отредактировать его. Старые инструкции в любом случае предлагают ручное редактирование, но более новые инструкции оставляют это для Graphviz.

Answer 4

У меня такие же проблемы с установкой Rgraphviz (для использования в пакетах Bayesian Network). Раньше я получал решения для перебора, но теперь я пытаюсь найти другое, описанное здесь, на этой странице

возможно, вы тоже пытались. Если вам удастся установить Rgraphviz, я буду благодарен, если вы научите меня, как это сделать.

Answer 5

Я не знаю, удалось ли вам решить проблему на 100%, но моя проблема с установкой возникла с версией R. Rgraphiz разработан Bioconductor и, кажется, устарел. Тем не менее, мне пришлось использовать его, так как я перешел в новую компанию, и они используют его в одном из своих блестящих приложений по любой причине.

С учетом вышесказанного у меня есть грязное решение, которое я придумала после нескольких дней борьбы с ним.

• Сначала я включаю в код строку, которая кажется необходимой, поскольку без этой строки блестящее приложение просто ничего не делает после открытия:

  if (! RequireNamespace ('BiocManager', спокойно = TRUE)) install.packages ( 'BiocManager')

Странно, что иначе это не сработает. Вышеуказанная строка находится на сайте Биокондуктора: https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/Rgraphviz.html

• Второе, что вам нужно сделать только один раз, - запустить команду biocLite ниже в консоли R, чтобы установить пакет Rgraphviz

  источник ( "http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite ( "Rgraphviz")

Приведенная выше команда, которую я нашел в другом потоке: R: RGraphviz Installation

Надеюсь, это обновление поможет вам или кому-либо еще.

Answer 6

Я использую R-Studio на Ubuntu 12.10 x64 и установил Rgraphviz из репозитория программного обеспечения BioC. Надеюсь это поможет. Например: http://www.biotricks.net/2012/03/rstudio-and-bioconductor.html