Вам нужно выбрать все роли в запросе, затем все разрешения в другом, пересечь их и, наконец, оставить соединение с role_permissions, чтобы получить полный список ролей x разрешений
SELECT rp.*, r.role, r.id AS role_id, p.id AS permission_id,p.name AS permission
FROM permission AS p
CROSS JOIN role AS r
LEFT JOIN role_permission AS rp ON p.id = rp.permission_id
AND r.id = rp.role_id
Перекрестное объединение дает вам полную матрицу комбинаций разрешений роли х, и соединение ВЛЕВО завершается успешно, даже если в строке role_permission нет записей для строки (роли, разрешения) в полной матрице.