Большинство блокировщиков всплывающих окон допускают всплывающие окна, которые были вызваны действием пользователя, например, нажав на одну из ссылок для входа на страницу, на которую вы ссылаетесь.
Так что, если вы привязываете всплывающее окно входа в систему к кнопке входа, которую пользователь должен щелкнуть, чтобы открыть ее, тогда он должен пройти мимо блокировщиков.
(или я упускаю суть - были ли другие примеры всплывающих окон, которые вы имели в виду, кроме как на их домашней странице?)