Вы не; JVM, или, более конкретно, AWT, генерирует входные события только тогда, когда Windows отправляет ей входные события, а JVM регистрирует только те события, которые происходят в его окне.
Возможно, вам удастся осуществить это с помощью JNI, но с другой стороны вы не сможете - это будет зависеть от того, сможете ли вы получить информацию, требуемую базовым API. Поскольку это скорее всего дескриптор окна, у вас не будет того, что нужно для вызова API, даже из JNI.