Kernel.bin - это загрузчик, а первый сектор дискеты объемом 1,44 Мб - это загрузочный сектор.
Поэтому, когда вы пишете (используя dd в данном случае), он последовательно записывает данные в первый сектор и далее.
По моему опыту, посмотрите QEmu. У меня нет его в руках, но вы можете загружать загрузчики, используя это совершенно без преобразования в img или iso.