Я один из авторов HTML5Boilerplate.Нет никаких причин, почему это было бы плохой идеей.Boilerplate дает только скаффолд, а не CSS / HTML / JS для сеток.Так что вы вполне можете его использовать.
Если у вас есть какое-то понимание, когда вы их комбинируете, добавьте его в wiki