Это потому, что код js, который вы вставляете через innerHTML, никогда не будет выполнен.Возможно, вам придется извлечь его из HTML-кода и запустить его через eval
.PrototypeJS имеет опцию конфигурации , чтобы сделать это автоматически.
Я бы порекомендовал вам выделить код js и включить его вместе с остальным кодом js.