В eclipse есть способ запустить более одного приложения Java в разных окнах консоли и переключаться между ними?
Да.В виде консоли есть значок (синий монитор, последний в ряду), который позволяет переключать консоли.
По умолчанию каждое приложение запускается в отдельной консоли. Все, что вам нужно сделать, это переключить его вручную между консолями.
http://sdqweb.ipd.kit.edu/mediawiki/images/6/66/Eclipse-switch-to-OCL-console.png
