SELECT t.INTERPRO, t.GOTERM1, t.GOTERM2, t.CONFIDENCE
FROM tbl t
WHERE t.INTERPRO = (SELECT MIN(t2.INTERPRO)
FROM tbl t2
WHERE t.CONFIDENCE = t2.CONFIDENCE)
Редактировать:
Если INTERPRO не является уникальным для УВЕРЕННОСТИ:
SELECT t2.INTERPRO, t2.GOTERM1, t2.GOTERM2, t1.CONFIDENCE
FROM (SELECT DISTINCT t3.CONFIDENCE FROM tbl t3) t1,
(SELECT TOP 1 t4.INTERPRO, t4.GOTERM1, t4.GOTERM2
FROM tbl t4
WHERE t4.CONFIDENCE = t1.CONFIDENCE) t2
должно работать, хотя у меня нетЭкземпляр SQL Server в данный момент удобен для двойной проверки.