MS предоставляет бесплатную утилиту NGEN , которая создает собственный исполняемый файл Windows из вашей сборки .NET.
Но имейте в виду, что CLR по-прежнему требует, чтобы ваша сборка была доступна для восстановления в случае недействительности собственного изображения, что может произойти по ряду причин. Кроме того, NGEN не устраняет необходимость установки конечного пользователя .NET Framework. Наконец, NGEN может изменить профиль производительности вашего приложения, но не всегда в лучшую сторону.
Существуют такие утилиты, как VMWare ThinApp (ранее Thinstall), которые создают собственный двоичный файл, который включает ваше приложение и соответствующие части .NET Framework. Это может быть то, что вы ищете.