После долгих испытаний и скорбей я понял это. Надеюсь, это поможет кому-то еще.
Поскольку я на общем сервере, я не могу настроить include_path. Он также не будет работать с использованием файла .htaccess, поскольку phpunit запускается из командной строки и не вызывает файл .htaccess. Поэтому установка пути включения в .htaccess бесполезна, если у вас возникают те же проблемы, что и у меня с phpunit.
Единственный путь, с которого я теперь могу запускать тесты phpunit - это / home / myname / php. Это потому, что мои файлы PHPUnit автоматически устанавливаются в /home/myname/php/PHPUnit.
При запуске теста phpunit из / home / myname / php я получаю сообщение об ошибке
File "/home/... " could not be found
В этот момент я обнаружил, что мне нужно обновить PHPUnit, что, в свою очередь, обновило ряд его зависимостей (CodeCoverage, Selenium и другие). Команда для обновления phpunit была
pear upgrade phpunit/PHPUnit
Теперь я могу успешно запускать тесты из папки / home / myname / php, и это работает. Если я запускаю тесты из какой-либо другой папки, она не работает, потому что она ищет в каталогах include_path, и / home / myname / php не является одним из этих путей.