Если вы укажете MATCH (...) ПРОТИВ (...) в части столбца запроса SELECT, то вы можете явно упорядочить по «счету», а затем по любым другим обязательным параметрам.
Например:
SELECT column_a, column_b, MATCH(...) AGAINST (...) AS score
FROM
...
ORDER BY score DESC, column_a DESC
Это может показаться немного сомнительным (поскольку вам придется повторить то же предложение MATCH в части WHERE запроса, чтобы выполнить фактическое сопоставление), но оно должно работать отлично.(Если есть хитрый способ псевдонима таких вещей, я хотел бы знать, но, похоже, не было в последней версии MySQL, которую я использовал.)