Проблема заключается в том, что в запросах Flash отсутствуют файлы cookie в заголовках. Это верно для любого загрузчика, который использует Flash (или имеет Flash в качестве опции, например, plupload).
В этом случае вам нужно указать FancyUpload добавить данные cookie в запрос с параметром appendCookieData
, установленным в значение true, и затем восстановить сеанс на сервере на основе этого (данные cookie идут как часть запроса GET или POST, а не заголовков, поэтому большинство фреймворков не будут автоматически обрабатывать этот способ аутентификации).
Обратите внимание, что при использовании этой опции все ваши куки добавляются к запросу, поэтому, если ваше приложение сильно использует куки, было бы лучше извлечь нужный вам куки (MooTools имеет встроенный Cookie helper ) и добавьте его в запрос с опцией data
.