Зависит от того, какой запрос вы делаете.
Если ваш запрос выглядит как
SELECT username from user_logins WHERE
username=? AND password_md5 = md5(?)
Тогда не экранирование указанного пароля внутри функции md5 приведет к уязвимости SQL-инъекций.
Просто используйте параметризованные запросы все время, если нет какой-то невероятно веской причины, по которой вы не можете (Подсказка: IN (...) не очень хорошо с ними работает).
Параметризованные запросы легче выполнять правильно, чем экранирование, и они более безопасны.