Если вы хотите что-то сделать во время выполнения, вам нужно исследовать объект LocalConnection для связи между двумя SWF-файлами. Неважно, как эти swfs были созданы. Вы можете использовать Flex 4, Flex 4 или даже Flash Pro.
Если вы хотите обмениваться компонентами между двумя проектами во время компиляции, к сожалению, вам нужно создать два отдельных проекта; поскольку Flex 3 SWC нельзя использовать с Flex 4 [и наоборот].