У меня была такая же (похожая?) Проблема с cygwin git.После одного обновления cygwin оно перестало нормально работать с удаленными репозиториями git, как на linux, так и на cygwin.
Сначала оно выглядело случайным и его было трудно идентифицировать.Некоторые команды сработали, некоторые не сработали.Похоже, это было связано с размером передаваемых данных.
Я считаю, что это проблема на стороне клиента с SSH в cygwin, так как другие git-клиенты могут подключаться нормально.Для меня решением было установить msysgit и выбрать при установке собственный SSH-клиент, а не Cygwin.Думаю, шпатлевка тоже должна работать.