Если вы не используете Peristance и приложение не запущено, вы можете удалить его, а затем перезагрузить без перезагрузки.
Более того, вместо использования менеджера приложений вы можете использовать файл javaloader.exe, который поставляется вместе с eclipse sdk, он находится в каталоге bin sdk для удаления или загрузки кодов
Пример .bat файла
cd C:\Program Files\Eclipse\plugins\net.rim.ejde.componentpack6.0.0_6.0.0.29\components\simulator
java -jar "C:\Program Files\Eclipse\plugins\net.rim.ejde.componentpack6.0.0_6.0.0.29\bin\SignatureTool.jar" -a -c -p myPassword *.cod
"C:\Program Files\Eclipse\plugins\net.rim.ejde.componentpack6.0.0_6.0.0.29\bin\javaloader" -u load myCodFiles.cod
Также лично я отлаживаю с JDE, потому что он намного менее запаздывает, чем затмение, но это личный выбор.