Используйте файл настроек (Правый клик, Добавить элемент, Настройки), который автоматически сгенерирует файл конфигурации приложения. Затем в корзине для каждого экземпляра вы можете установить значения в конфигурации - если вы запускаете их из разных мест.
Если несколько экземпляров службы работают в одном месте, подход с использованием файла конфигурации не будет работать. В этом случае я бы порекомендовал обычный exe-файл с методом void main(string[] args)
, а затем вы можете использовать планировщик задач в окнах для определения аргументов и планирования.