В зависимости от того, что это за инструмент, вы можете рассмотреть несколько других вариантов. Если это инструмент генерации кода или перевода, вам может потребоваться не что иное, как пользовательский компоновщик, который может вызвать инструмент как часть процесса сборки с опциями и целями по вашему выбору. Например, вы можете без проблем запустить сборку Visual Studio как часть компиляции Eclipse.
Или, если это графический инструмент, проверьте, является ли это COM-объектом, который можно легко "обернуть" в Java и, следовательно, в плагин Eclipse.
И, наконец, я также хотел бы проголосовать за SWIG. Этот материал действительно хорош и позволяет довольно легко обернуть C или C ++ API в Java и создать для вас тонну JNI-кода.