Я не уверен, что это правильный путь, но для копирования jar-файлов в каталог lib я делаю следующее:
/**
* Copies the dependencies to the lib directory in preparation for them to be added to a jar file
*/
task copyRuntimeDependencies(dependsOn: configurations.runtime.buildArtifacts, type: Copy)
{
into('build/output/lib')
from configurations.runtime
from configurations.runtime.allArtifacts*.file
}