Я бы сначала предложил переместить файл из корня сети, если у вас нет действительно хорошей причины не делать этого (и я не буду легко убежден в этом).
Если вы не хотите этого делать, воспользуйтесь предложением Тристана об ошибке 403. Что-то вроде
<Files /path/to/docroot/nameoffile>
Order allow,deny
Deny from all
</Files>
Если вы действительно не хотите этого делать, вы можете использовать псевдоним для перенаправления URL-адреса в несуществующее местоположение:
Alias /nameoffile /path/that/doesnt/exist
То же самое можно сделать с mod_rewrite,
RewriteRule /nameoffile /path/that/doesnt/exist [L]
Переписывание более затратно в вычислительном отношении, но может оказаться единственным вариантом, если у вас нет доступа к конфигурации основного сервера.