Это случалось со мной раньше - то есть затрагивало только режим отладки Eclipse (но Tomcat, а не Jetty).
В моем случае мне пришлось стереть все мои точки останова.Как только я это сделаю, все начнется нормально, и я смогу снова начать добавлять точки останова.
Казалось, это произошло только после длительного накопления большого количества точек разрыва.