Простой способ проверить это - просто попробовать следующее:
SELECT (1 = 1);
SELECT (9000 = 9000);
SELECT (1234567890 = 1234567890);
Если последний медленнее, это проблема сравнения.
Я подозреваю, что это не числовое сравнение, а побочный эффект большого первичного ключа или вакуумоподобной операции, которую необходимо выполнить. У двух других таблиц диапазоны настолько высоки, потому что они были заполнены, а позже были удалены строки, или они действительно начинались с таких больших PK?