Если вы правильно разработали свой код на стороне сервера, вы сможете использовать эти компоненты независимо от того, где находится клиент. Вам просто нужно написать тонкую оболочку для каждого типа взаимодействия, например XML против JSON.
Трудно сказать больше, не зная точно, что вы делаете, и сколько людей у вас работает над этим? Вы можете закончить настольную версию, прежде чем запускать мобильную версию, но это не обязательно. В зависимости от размера команды / навыка вы можете развивать оба одновременно ...