Ну, это довольно просто.
Я предлагаю вам начать с простого примера декодирования ffmpeg. При этом вы получите структуру, которая представляет собой изображение FFMPEG. Вы должны преобразовать его в структуру изображения opencv (IplImage). Затем вы можете применить любую операцию opencv. Затем вы можете посмотреть на пример кодирования FFMPEG, и у вас есть вся цепочка обработки:)
Смысл в том, чтобы преобразовать структуру изображения FFMPEG в структуру изображения opencv. Это довольно просто после того, как вы прочитали документацию (код?).
Отредактируйте свой вопрос, если у вас есть более точные потребности.
my2c