Если вы используете API SQLite правильно и используете параметры связывания вместо динамического генерирования SQL, вы можете использовать эти символы без проблем.
База данных, скорее всего, просто кодирует символы в куски байтов, в любом случае, учитывая некоторую кодировку символов, поэтому тот факт, что 00001010 означает "новую строку" в некоторых контекстах при декодировании с большинством наборов символов, совершенно не имеет значения. Он входит в текстовый столбец, как и все остальное.
Теперь, если вы не используете подготовленные операторы, а программно генерируете SQL, вы можете столкнуться с проблемами в зависимости от того, как SQLite обрабатывает встроенные разрывы строк внутри строковых литералов (это может или не может обработать этот штраф). Но это не должно быть проблемой, потому что вы можете обойти это в любом случае (даже если вам нужно для динамической генерации ваших операторов, просто сгенерируйте оператор с ? заполнителями, подготовьте его, затем свяжите свой переменные).