Если эти сценарии связаны с конкретным проектом, объедините их с проектом.Не кладите их в другое место.
Если эти сценарии используются для более чем одного проекта, поместите их в систему управления версиями как отдельный проект.Чем вы можете тянуть их вниз каждый раз, когда вы тянете свой проект.Если ваш плагин scm для hudson не поддерживает настройку двух отдельных источников (как это делает subversion), просто перетащите сценарий сборки, используя инструмент командной строки для scm, в качестве первого шага сборки.версионировано так же, как ваш код версионирован.