Я полагаю, что вам придется превратить бета-папку в виртуальный каталог, чтобы она получала свое собственное приложение.
Это должно быть сделано через диспетчер IIS, а не через FTP.В IIS 7.5 есть пункт меню для преобразования каталога в приложение («Преобразовать в приложение») при щелчке правой кнопкой мыши на каталоге.В этом случае это будет прекрасно работать.
Я бы предложил вместо этого указать поддомен, например, beta.mycompany.com, чтобы у него было собственное приложение для запуска.