Я не уверен, что является правильным предупреждением, но как только вы его нашли, вы можете изменить его расположение следующим образом (используя «формат» в качестве примера):
#pragma GCC diagnostic error "-Wformat"
Или, как указывает Стрейджер:
gcc -Werror=format ...
Редактировать: Я только что проверил источник gcc для этого, и это конкретное предупреждение нельзя отключить с помощью флагов командной строки.