Я действительно не работал с Cuda, поэтому я не знаю, насколько полезен мой ответ.
Из того, что я понимаю, вы пытаетесь использовать opencl непосредственно из вашего хост-кода cuda, который, если я правильно помню, скомпилирован с использованием некоторого компилятора из nvidia вместо стандартного gcc. Таким образом, проблема, вероятно, в том, что этот компилятор не реализует необходимые встроенные функции для работы с упомянутыми заголовками.
Посмотрите здесь для аналогичной проблемы, и это решение:
http://forums.nvidia.com/lofiversion/index.php?t88573.html
Кажется, вам нужно поместить все, что нужно для API opencl, в другой (не cuda) модуль компиляции, чтобы он был скомпилирован компилятором не nvidia.
Однако я бы не рассчитывал на эту работу (поскольку буферы opencl не просто указатели на память, но должны содержать некоторые метаинформации), просто потому, что нет реальной причины, по которой это должно работать, и если это так, то нет никакой гарантии что он продолжает это делать.
Что вы можете попробовать, если действительно хотите использовать opengl для взаимодействия, так как и opencl, и cuda имеют расширения, позволяющие создавать буферы из буферов opengl.
Однако зачем вам это делать? Что мешает вам использовать кратковременную реализацию Apple, поскольку IIRC - это открытый исходный код, и большая часть его (части opencl) в любом случае должна быть независимой от платформы.