Символ ~
(тильда) имеет специальное значение в пути в двух случаях:
~user # the home directory of user
~/folder # folder inside your home directory
По большей части, все. Команда, на которую вы ссылаетесь, делает именно то, как выглядит: удаляет файлы, имена которых заканчиваются тильдой. Текстовые редакторы, такие как emacs, сохраняют резервные копии файлов под именами файлов, оканчивающимися на тильды.
Итак, эта команда, вероятно, используется для удаления этих резервных копий из текущего каталога (но не подкаталогов). Одна из причин, по которой это можно сделать, заключается в том, что каталог будет скопирован на веб-сервер, поскольку код на стороне сервера (например, файлы PHP) может содержать конфиденциальную информацию, такую как пароли.