Вы можете заключить плагины в анонимную функцию и вызывать их с определенной версией jquery.
Пример:
<script src="jquery-1.3.js"></script>
<script>
$jq13 = jQuery.noConflict(true);
</script>
<script src="jquery-1.4.js"></script>
<script>
$jq14 = jQuery.noConflict(true);
</script>
<script>
(function($){
// All references to $ in this block will refer to $jq14
// Put plugins inline here
})($jq14);
</script>
Хорошо написанные плагины уже будут написаны таким образом, поэтому вы можете просто изменить последнюю строку, чтобы указать, какой объект jquery он должен использовать.
Или вы можете изменить window.jquery перед вызовом каждого плагина. Как это:
<script src="jquery-1.3.js"></script>
<script>
$jq13 = jQuery.noConflict(true);
</script>
<script src="jquery-1.4.js"></script>
<script>
$jq14 = jQuery.noConflict(true);
</script>
<script>
window.jQuery = $jq14;
</script>
<script src="some_plugin.js"></script>
<script>
window.jQuery = $jq13;
</script>
<script src="some_other_plugin.js"></script>
Немного менее элегантно, но должно работать.