Если вы добавите атрибут runat = "server" к div в вашей MasterPage, вы можете ссылаться на этот div, используя его атрибут ID, либо из MasterPage, либо со страницы содержимого, сначала ссылаясь на свойство Master на своей странице.
из файла .cs вашей страницы контента вы можете сделать что-то вроде
Master.MyDiv
, где MyDiv - это идентификатор div в MasterPage.
Вы также можете поместить элемент управления PlaceHolder (НЕ ContentPlaceHolder) в свою MasterPage, а затем ссылаться на элемент управления со своей страницы (Master.MyPlaceHolder) и добавлять к нему элементы управления со своей страницы.