$ chmod -R 777 webapps temp logs work conf
ОЧЕНЬ опасно, не делай этого, я написал "не делай этого"?НЕ ДЕЛАЙ ЭТОГО!Угадайте, где находится ваш tomcat-users.xml с вашими именами пользователей и простыми текстовыми паролями?
Предоставление мира для чтения-записи-выполнения в любом месте UNIX, за исключением / tmp (и даже тогда, в prod, НИКОГДА этого не делать)просто глупо.И это делает вашу первую строку chown -R tomcat6 совершенно бесполезной.
убедитесь, что tomcat работает как tomcat7 (это tomcat6 для tomcat 6) и просто выполните:
$ cd $TOMCAT_BASE
$ chown -R tomcat7:tomcat7 webapps temp logs work conf
$ chmod -R 660 webapps temp logs work conf
[EDIT] изменил 770
на 660
после комментария, потому что файлырассматриваемый вопрос не нужно выполнять.
Если вы хотите иметь возможность читать, писать или выполнять какие-либо вещи там, добавьте себя в группу tomcat7.