Я всегда использую ваше предпочтительное соглашение css и использую jQuery для этих элементов без каких-либо проблем. С точки зрения одинарных / двойных кавычек - я использую одинарные кавычки только тогда, когда значение содержит разметку HTML. т.е.
$("#el").html('<div class="wrap">Hey!</div>');
Я заметил, что вы обновили свой вопрос после того, как я ответил на него.
Для конфликтов между библиотеками вы можете использовать библиотеки в режиме совместимости. Например:
var $j = jQuery.noConflict();
$j(document).ready(function () {
$j("body").css('background', 'red');
});
Что касается использования одного / нескольких файлов, то на самом деле все сводится к чистоте и производительности.
Каждый новый файл .js потребует дополнительного запроса к серверу, что замедляет работу вашего сайта. Но если бы вы написали 5000 строк кода, которые делали бы много разных вещей, вы наверняка могли бы рассмотреть возможность их организации в несколько файлов.
Однако в этих случаях я предпочитаю разделять свои скрипты в своей среде разработки, а затем объединять их в один файл global.js, который я затем сокращаю для производства.
HTH, Марко