В ситуации, когда вы пытаетесь использовать какой-то проект, который давно не выпускался, стоит посмотреть списки рассылки проекта.
Вот архив для списка рассылки "fop-dev" . Во-первых, обратите внимание, что список рассылки активен. Много сообщений. Во-вторых, если вы посмотрите на письма за июль 2010 года, вы увидите, что они проголосовали за принятие ветки релиза FOP 1.0. Я не совсем уверен, что это значит, но я подозреваю, что это означает, что 1.0 будет выпущен очень скоро.
На ваш общий вопрос о том, использовать ли собственный компилятор GCC, нет особой причины не делать этого. Но в этом нет особой необходимости и нет особых оснований подозревать, что это поможет. Я лично предпочитаю использовать виртуальные машины Sun. И, похоже, вы сами себе усложняете жизнь, пытаясь избавиться от зависимостей времени выполнения при установке Sun.
EDIT
Я не уверен, что "ад зависимости" это так плохо. С одной стороны, вы (как основной разработчик) должны быть в состоянии определить определенные комбинации версий компонентов, которые работают. Затем вы говорите: «Это те версии, которые мы рекомендуем / поддерживаем». Если люди хотят использовать разные комбинации, это их ответственность.
С другой стороны, если вы используете Maven в качестве структуры сборки, то зависимости явно объявляются в файлах POM проекта. Если вы уверены, что публикуете в общедоступном репозитории, и что ваши опубликованные артефакты зависят только от должным образом выпущенных / опубликованных сторонних артефактов, то у ваших клиентов не должно возникнуть никаких затруднений ни при создании собственного программного обеспечения, ни при загрузке через репозитории Maven. И если они хотят повозиться с зависимостями, они могут это сделать.
РЕДАКТИРОВАТЬ 2
Использование GCJ как способа предотвращения испорченных зависимостей пользователей (IMO) - плохая идея. Используя GCJ для жесткого соединения зависимостей в бинарном дистрибутиве, вы ограничиваете возможности пользователя «возиться». А в приложениях, основанных на FOP, способность повозиться представляется довольно важной.
(И тот факт, что GCJ, по-видимому, приводит к нарушению FOP, является еще одной прагматической причиной просто использовать обычную Sun Java.)
РЕДАКТИРОВАТЬ 3
Я просто хотел бы добавить, что у вас также есть возможность использовать / рекомендовать людям использовать OpenJDK. OpenJDK доступен как часть всех последних дистрибутивов Linux, AFAIK.