Создайте другой файл с тем же именем, что и ваш текущий файл конфигурации, и добавьте что-то вроде .sample или .dist в конец.т.е. в моей системе у меня лично есть мои настройки в config.php, который игнорируется git и никогда не будет загружен на сайт, а также у меня есть config.php.dist (например, дистрибутив), который подтолкнет к репо.*
Поэтому, когда ваш клиент загружает его, ему просто нужно переименовать config.php.dist и удалить часть .dist.
Второе, что вам нужно сделать, - создать .gitignore в корнепапку репо и добавьте имя файла, который вы не хотите загружать в репозиторий.
Содержимое .gitignore config.php.dist