Я получил много пробега от Portecle.
Если вам нужно сделать это программно, большая часть того, что вам нужно, находится в классе KeyStore в Java. Что касается дружелюбия пользователя, то он довольно избирателен в отношении своих друзей. Откройте магазин, добавьте к нему, сохраните его. Если вам нужны цепочки сертификатов, это будет немного сложнее.
Что касается извлечения сертификата из кодировки DER, см. Javadoc X509Certificate. Особенно ссылки на CertificateFactory.