Краткий ответ: в корне сети не должно быть файлов, которые вы не хотите обслуживать.
Я лично не знаю IIS 6 или 7, но в Apache каталог обозначается как корень сети, например, \ site \ htdocs, и ничто над ним не доступно снаружи. Если вы храните файлы DLL вне этой иерархии, они становятся недоступными.