Это означает, что ваш код не тестируется.Переместите свою логику в отдельные классы и протестируйте их.(Например, они могут быть пакетно-частными, так что они все еще недоступны для внешнего мира)
Если ваши внутренние классы логически внутренние - т.е. они представляют некоторое внутреннее функционирование вашего класса - немодульный тест их , модульный тест методов родительского класса.