Вы можете написать шестнадцатеричный целочисленный литерал в C #, добавив к нему префикс 0x:
byte[] result = new byte[16];
result[0] = 0x55;
result[1] = 0xaa;
Байтовые массивы по умолчанию заполнены 0x00, поэтому вам просто нужно установить первые два элемента.
Кроме того, вы можете использовать синтаксис инициализатора массива:
byte[] result = new byte[] { 0x55, 0xaa, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 };