Не знаю, будет ли это работать для вас (зависит от того, есть ли в вашем каталоге другие файлы только для чтения), но это должно работать:
attrib +R *.exe
del *.*
attrib -R *.exe
Что касается вашего вопроса, в командах по умолчанию для DOS нет такой вещи, как "исключение" подстановочных знаков