Пакет pywin32 может предоставить вам доступ к функциям сценариев Windows.Например, выберите окно по заголовку и переместите его в конец Z-порядка:
import win32ui, win32con as w
def MoveToBack(window_name):
flags = w.SWP_NOSIZE | w.SWP_NOMOVE | w.SWP_NOACTIVATE | w.SWP_SHOWWINDOW | w.SWP_ASYNCWINDOWPOS
hwnd = win32ui.FindWindow(None, window_name)
hwnd.SetWindowPos(w.HWND_BOTTOM, (0,0,0,0), flags)
Это, очевидно, решение только для Windows.