Да, вы, вероятно, захотите создать класс для каждой таблицы, эффективно выступая в качестве вашей "модели". Должен ли у вас быть один файл, содержащий все, или один файл на таблицу - или что-то еще полностью - будет зависеть от того, что вы пытаетесь сделать.
Если вам всегда нужны все данные, а вы только когда-либо читаете их, то имеет смысл поместить все это в один файл. Если вы пишете в некоторые таблицы, но не в другие, может иметь смысл хранить файлы отдельно, чтобы у вас было меньше данных для перезаписи. (Вам, вероятно, придется переписывать весь файл каждый раз, когда вы изменяете файл, в конце концов.)
Вы, вероятно, не хотите перезагружать файл каждый раз, когда получаете доступ к данным - загрузка его один раз и сохранение его в памяти вполне может подойти. Опять же, это зависит от того, как на самом деле выглядят ваши данные. Если вы не можете хранить его в памяти, но регулярно запрашиваете его, вы, возможно, захотите сначала пересмотреть использование XML - это удобно различными способами, но вы не можете рассматривать его как реальную базу данных с индексированными запросами и т. д. Было бы трудно выполнить поиск без эффективного выполнения сканирования таблицы.