Помимо того, что Кев уже упоминал в своем ответе, речь идет также о записях конфигурации.
Вы используете различные элементы web.config для настройки обработчиков при запуске в классическом режиме, чем в интегрированном режиме. Это может быть в случае приложения, которое вы пытаетесь, но это, безусловно, нет причин делать это. Конфигурации для обоих могут быть в файле web.config, поэтому он будет работать одинаково независимо от классического или встроенного.